Interruzione antibiotico post vaccino

Buongiorno,
mio figlio (14 mesi) in seguito a vaccino (antimorbillo, antiparotite, antirosolia e antimeningo) ha avuto 2 giorni di febbre a 40 con gola arrossatissima. In pronto soccorso gli prescrivono 8 giorni di Amoxicillina...Il mio pediatra poi però mi dice di interrompere l'antibiotico dopo 2 giorni perchè non serve a nulla visto che per lui è una forma virale (laringospasmo) e non batterica e rischiamo solo di compromettere il vaccino...Secondo lei ho fatto bene o rischio di creare una forma di resistenza anche nel caso fosse una forma virale? sono preoccupata
grazie mille