Mio figlio ha la tosse da quasi due mesi, cosa fare?

Salve,
abbiamo un bimbo di 2 anni e 2 mesi. A fine Agosto ha avuto un po' di febbricola durata 2-3gg accompagnata da tosse grassa e fastidiosa, specie di notte.
Passata la febbre, la tosse è rimasta: il pediatra ci ha detto di provare con Grintuss sciroppo e, dopo qualche giorno, visto che la situazione non migliorava ci ha detto di fare dell'aerosol con soluzione fisiologica e Rinorex 2 volte al dì..
Inizialmente il bimbo non voleva fare l'aerosol, ma alla fine così così ci siamo riusciti, anche se non fatto benissimo.
La tosse si è un po' calmata, specie di notte dove ha potuto riposare meglio, ma non gli è mai passata del tutto, rimanendo molto forte all'atto di espettorare.
Il 20 settembre è tornata la febbre, questa volta più alta (38,5-39 gradi). Dopo qualche giorno l'abbiamo riportato dal pediatra che, ancora una volta, ci ha rassicurato su bronchi e polmoni, pensando ad una nuova forma virale (parainfluenze di settembre??) che però si è prolungata un bel po' di giorni, tanto che lo stesso dottore ci ha consigliato di dare l'antibiotico. Purtroppo il PANACEF gli ha fatto allergia (macchie gonfie e arrossate agli arti inferiori) ma il medico ci ha detto di continuarlo insieme al cortisone (Bentalan da 0,5). Abbiamo fatto così per 2 giorni e mezzo, ma il bimbo durante la cura era abbattuto, mangiava poco, non giocava più, per cui con mia moglie abbiamo deciso di interrompere l'antibiotico (che tanto non daremo mai più, vista l'allergia) e anche il cortisone. Già l'indomani il bimbo era più vispo e anche con 39 di febbre giocava e mangiava.
Il nono giorno di febbre abbiamo fatto delle analisi del sangue che, a detta del dott, rilevavano soltanto un'infezione virale, ma nient'altro visto che alcuni valori (PCR, globuli bianchi, ecc) erano nella norma. Tra l'altro da quel giorno il bimbo sembrava migliorare (tachipirina da 3 volte al giorno a 2 volte e poi ad una volta soltanto) con una febbre che saliva solo nel tardo pomeriggio, ma che ogni giorno era sempre meno forte. Purtroppo, quando sembravamo "in discesa", una mattina si è svegliato con 39,5 e l'abbiamo portato in ospedale dove è rimasto ricoverato per 7gg: inizialmente confermato il virus, poi dopo varie analisi negative (tra cui mononucleosi, RX torace, o altri virus comuni), sono spuntate le placche (tonsillite purulenta) e ha fatto così due antibiotici (il macladin per endovena e l'augmentin per bocca) + qualche giorno di bentalan. Dopo 15 giorni di febbre, finalmente è sfebbrato. In teoria avrebbe dovuto fare in quella settimana anche l'aerosol 4 volte al dì, ma il piccolo vedeva tutto in modo traumatico per cui ne avrà fatto al massimo uno al giorno tra urla e pianti.
Usciti dall'ospedale ha completato a casa l'augmentin e l'aerosol con mezza fiala di clenil, ma anziché farne 3 al giorno per 3gg, ne ha fatti 2 al giorno per 5 (abbiamo barattato con lui). L'unica pecca è che respira SEMPRE COL NASO. Finito il tutto, la tosse è peggiorata di nuovo e ora è intensa. Perché? Che si fa?