Pillola del giorno dopo

Buongiorno, sono una ragazza di 19 anni e vorrei avere alcuni chiarimenti.
Martedì 26 agosto mi sarebbe dovuto venire il ciclo normalmente, martedì sera ho avuto un rapporto non protetto con il mio ragazzo e durante il rapporto è arrivato il ciclo e lui ha eiaculato dentro, il giorno dopo il ciclo non c'era piu, così giovedi mi sono rivolta al mio medico curante spiegandogli la situazione, mi ha prescritto la pillola del giorno dopo, ma prima di assumerla è ricomparso di nuovo il ciclo ma nonostante ciò il mio medico mi ha consigliato di prendere ugualmente la pillola ed entro 42 ore l'ho presa.
I primi giorni del ciclo, le mestruazioni erano su un marroncino, successivamente, sono diventate di un rosso vivo e a volte un pò piu' scuro.Il mio ciclo solitamente dura 6 giorni, ma ancora oggi il flusso non è del tutto diminuito, ciò potrebbe dipendere dalla pillola del giorno dopo? Quanto tempo altro mi potrebbe durare ciò? Posso star tranquilla?