Infezione urinaria persistente

A seguito di un intervento laparoscopico che ha comportato l'inserzione di un catetere. ho cominciato a soffrire di cistite.
Dopo aver fatto una coltura per germi comuni risultata positiva. ho intrapreso la terapia antibiotica a seguito della quale le la coltura sempre per giorni comune è risultata negativa.
Dal momento che continuo ad avere disturbi quali bruciore, urine maleodoranti, volevo capire se fosse opportuno fare la ricerca per i cosiddetti batteri atipici.
Sono certa che esiste la coltura per la ricerca del bacillo di Koch , ma è possibile ricercare anche Ureaplasma e Clamidia nelle urine?
Qual è il medico specialista cui è meglio affidarsi per questi disturbi (essendo io una donna) l'urologo o il nefrologo?
Grazie