Problemi con la pillola anticoncezionale

Salve Dottori, ho 19 anni ed ho iniziato ad assumere la pillola regolarmente all'età di 16 anni, l'ho assunta per quasi 2 anni consecutivi, poi ho fatto una pausa dall'agosto del 2012 e ad aprile 2013 ho ricominciato a farne uso. Premetto che spesso ho avuto fenomeni di spotting durante l'assunzione, oppure comparsa del ciclo il giorno prima della fine della pillola. La mia ginecologa però, mi ha sempre detto che potevo comunque farci affidamento. Io ho usato e continuo ad usare sempre il preservativo, per maggiore sicurezza.
Nel mese di giugno scorso ho fatto una visita di routine dalla ginecologa, tutto sembrava nella norma di una donna facente uso di anticoncenzionale (LOETTE), ma ha trovato un cisti ovarica, così avendone trovata un'altra anche qualche tempo prima ha voluto rivedermi appena dopo il ciclo per vedere se fosse la stessa a persistere oppure se si riformasse ad ogni ciclo.
Quindi, appena finito il ciclo, cioè durante il secondo giorno di pillola, mi ha visitato e la cisti non c'era più ma, la cosa curiosa, è che ha notato che il mio utero sembrava funzionare a tutti gli effetti, spiegandomi che c'erano degli ovuli di 9mm e che c'era la rima endometriale trilineare. Mi ha comunque fatto continuare nell'assunzione e mi ha detto di avere rapporti sempre protetti.
Il mese di luglio è filato liscio. Nel mese di agosto, ho dimenticato di assumere una pastiglia, il giorno dopo mi sono trovata costretta a prenderne due contemporaneamente e subito è iniziato lo spotting, perdite marroni che durante tutto il resto del mese sono diventate a volte sangue anche parecchio abbondante. Negli ultimi giorni di assunzione lo spotting è diminuito ed una volta finito il blister il ciclo vero e proprio non si è presentato (solitamente arriva il giorno stesso della fine del blister). Oggi, 3° giorno di sospensione, continuo ad avere spotting marrone.
La mia ginecologa mi ha detto che forse la pillola dimenticata ha causato questo e mi ha consigliato di lasciar correre. Ripeto che ho avuto sempre rapporti protetti!

Sarei grata se potessi avere un Vostro parere.
Mi scuso per la confusione e la lunghezza del testo.
Grazie.